Köprülü Mehmet Paşa’nı kardeşi Mevlevi Hasan Ağa’nın oğludur. 1644’de Vezirköprü’de doğdu.Amcası Köprülü Mehmet Paşa ve amca oğlu Fazıl Ahmet Paşa’nın sadaretinde serbest olarak, bazen İstanbul’da bazen Bulgaristan’da Provodi kasabasında Kozluca köyünde babasının çiftliğinde yaşamıştır. Yeğen, sarhoş, Mevlevi diye de anılır. Hüseyin Bey’e Fazıl Ahmet Paşa sadaretinde Amcazade denildiği için bu lakapla şöhret bulmuştur.
Viyana kuşatmasında Vezir-i azamın maiyetinde bulunan Hüseyin Bey’e Viyana bozgununa müteakip Kara Mustafa Paşa’nın katlinden sonra, Köprülü ailesine yakından ve uzaktan mensup olanların gözden düşmeleri üzerine tutuklanıp, serbest bırakıldıktan sonra beylerbeylik verilerek devlet merkezinden uzaklaştırıldı.

Bundan sonra Kastamonu sancağı ile Çardak muhafızlığında bulundu.1689’da vezirlikle Boğazhisar muhafızı oldu. 1691’de bir aralık İstanbul kaymakamı oldu ise de sonra tekrar Boğazhisar muhafızlığına getirildi.

1694’de Kaptan-ı Derya oldu ve Sakız adasını Venediklilerden geri aldı. 1696’da ikinci defa İstanbul kaymakamlığına 1697’de 5 yıl sürecek olan sadrazamlık görevine getirildi.

Karlofça Antlaşması O’nun zamanında imzalanarak 1683’den beri devam eden ve Osmanlı tarihinde “felaket seneleri” olarak anılan 16 yıllık büyük savaşa son veridi.

Amcazade Hüseyin Paşa Karlofça’dan sonra çok kötü duruma düşmüş memleketin kalkınması için çalışmış, askeri ve idari ıslahatlar yapmıştır.

Amcazade Hüseyin Paşa 4 Eylül 1702’de sadaretten istifa etti.İstifa sebebi Şeyhülislam Feyzullah Efendi’nin bütün devlet işlerine, tayinlere karışması, yakınlarını yüksek görevlere tayin ettirmesi, sadrazam yetkilerine girerek devlet düzenini bozmasıdır. Diğer sebep halasının oğlu Kıblelizade Ali Bey’in bir sultanla gizli ilişki kurduğu iddiası üzerine, padişahın, Hüseyin Paşa’nın yalvarmalarına rağmen genç adamı idam ettirmesidir.

Amcazade, sadaretten çekildikten sonra Kumburgaz’daki çiftliğinde on beş gün daha yaşamış ve 23 Ağustos 1702’de vefat etmiştir.Cenazesi İstanbul’a getirilerek Saraçhanebaşı’ndaki medresesinin yanındaki türbesine defnedilmiştir.

Amcazade Hüseyin Paşa vefatında altmış yaşlarında olup, devlet işlerine ve memleket ahvaline vakıf ileri görüşlü bir devlet adamı idi.Adam yetiştirmeyi sever meziyetli ve kabiliyetli insanları himaye ederdi.

Amcazade’nin İstanbul’da Saraçhanebaşı’nda yaptırmış olduğu meclis, medrese, mektep, kütüphane ve sebili vardır.Mescit sonradan dershane olmuştur. Boğaz içinde Anadoluhisarı ile Kanlıca arasında bir kısmı muhafaza edilmekte olan amcazade yalısı vardır.

Tarihçi Halepli Mustafa Naima Efendi meşhur altı ciltlik tarihini Amcazade Hüseyin Paşa’nın emriyle yazmış ve O’na ithaf etmiştir.

Sakız muhafızlığından Edirne’ye gelen Fazıl Mustafa Paşa, padişahtan, IV.Mehmet’in babasına ve ağabeyine tanıdığı geniş yetkilerin kendisine de verilmesini istedi. II.Süleyman bu isteği kabul etti.Bu durum daha ilk adımda içerdeki zorbaları ürkütüp sindirdiği gibi, Avrupalıları da telaşlandırdı.

Elli bir yaşındaki sadrazam ilk iş olarak vergi sistemindeki adaletsizliği ortadan kaldırarak, düşük ayarlı sikke kesiminin önüne geçti. Yolsuzlukla elde edilmiş servetleri hazineye alarak ordu ve devlet örgütünde etkili değişiklikler yaptı. Bu kadarla kalmayarak Köprülü ailesine ait saraylardaki altın ve gümüş eşyayı da darphaneye göndererek sikke kestirtti ve bu sikkeleri devlete bağışladığı gibi, padişahın da aynı şekilde davranmasını sağladı.

Böylece hazineyi güçlendirdikten ve gerekli hazırlıkları tamamladıktan sonra 13 Temmuz 1690’da Edirne’den sefere çıkan Fazıl Mustafa Paşa, birkaç ay içinde Vidin, Niş, Semendire ve Belgrat’ı geri aldı.Özellikle Belgrat kalesinin bir hafta gibi kısa bir zamanda fethedilmesi büyük yankı uyandırdı.Kırımlı Kazaklar Rusya içlerini alt üst ederken Türkler de Vardar’dan Drava’ya kadar 60.000 kilometre kareden geniş bir araziyi Avusturyalıların elinden aldılar.

Kış aylarını ordunun eksikliklerinin tamamlanması için İstanbul’da geçiren Fazıl Mustafa Paşa, Haziran 1691’de Erdel’i geri almak için ordunun başında İstanbul’dan ayrıldı. Yola çıkmadan önce II.Süleyman’ın hastalığını fırsat bilip IV.Mehmet’i yeniden tahta oturtmak isteyen bazı ulemayı tutuklattı. Orduyu uğurlamak için İstanbul’dan Edirne’ye gelmiş olan padişah, 8 gün sonra öldü. Fazıl Mustafa Paşa hükümdarın ölüm haberini Filibe’de aldı.28 Haziran’da Sofya’ya gelen serdar-ı Ekrem’e Anadolu beylerbeyi Bekir Paşa’yla Macar Kralı Tökeli de askerleriyle katıldılar.Belgrat’a gelen Fazıl Mustafa Paşa Kırım kuvvetlerinin henüz gelmemesine karşın orduyu Sava’nın karşı kıyısına geçirdi.Tuna’nın sağ kıyısında bir köy olan Salankamen’de Baden Prensi Ludwig Wilhelm’in komuta ettiği Avusturya kuvvetleriyle yapılan savaşta 53 yaşındayken şehit düştü.Bütün aramalara rağmen cesedi bulunamadı.Düşmanın da önemli kayıplara uğradığı bu savaş, Osmanlı-Avusturya savaşlarının önemli bir aşaması oldu ve Osmanlı Devleti ise, işleri düzene koymak üzere olan güçlü bir vezirini kaybetti.Fazıl Mustafa Paşa’nın Numan, Abdullah ve Esad adlarında üç oğlu vardı.

Fazıl Mustafa Paşa açık sözlü, riyadan hoşlanmayan bir insandı; idareyi ele alır almaz hükümeti ve orduyu işe yaramayanlardan derhal temizlemiş, Rumeli’deki gayri Müslimlerin yer yer ayaklanıp düşmana yardım etmelerinin sebebini vergilerin tahammül edilemez ağırlıkta olduğunu görerek onları hafifletmiş, ticarete serbestlik vermiş ve bu sayede devletin iç asayişini temin etmiştir.

Boş vakitlerinde araştırmalar yapar veya ulema ile görüş alışverişinde bulunurdu. Hatta sefer vakitlerinde bile fırsat buldukça okurdu. Hadis ilminde ihtisas sahibi idi; İstanbul’da Süleymaniye ile Vefa arasındaki konağı yanında bir kütüphane yaptırmış olup bir çok alim oraya gelip kitaplarından istifade ederlerdi. Süsü ve gösterişi sevmezdi; cesur ve atılgandı; cömert olup ağabeyi Fazıl Ahmet Paşa gibi askerin gönlünü hoş eder ve hizmeti görülenlere kendi kesesinden de bol bol bahşiş verirdi .Belgrat kalesini zaptettikten sonra kuşatma esnasında askere verdiği bahşişlerden başka, ocaklara kendi malından 70.000 kuruş bahşiş dağıtmıştır.