Köprülü Mehmet Paşa’nın ortanca oğlu, Fazıl Ahmet Paşa’nın kendisinden üç yaş küçük kardeşidir.1638’de Vezirköprü’de doğdu. 4 yaşındayken İstanbul’a geldi. Medresenin bütün kademelerini geçti ve devrinin büyük bilginlerinden biri olarak kabul edildi. Yetişme çağında genellikle ağabeyi Fazıl Ahmet Paşa’nın yanında bulunup birtakım savaşları gördü, tecrübe edindi. Ağabeyi tarafından yönetici olarak yetiştirildi. 1680’de eniştesi Merzifonlu Kara Mustafa Paşa’nın tavsiyesi üzerine yedinci vezir olarak Divan-ı Hümayun’a girdi. Altıncı vezirlik, Viyana seferi sırasında Edirne’de sadaret kaymakamlığı, Silistre beylerbeyliği ve serdarlığı yaptı.1684’de kubbe veziri olarak İstanbul’a geldi. Bir kaç ay sonra üçüncü vezirlik, sonra Çanakkale ve Sakız muhafızlığı yaptı. Eniştesi Abaza Siyavuş Paşa’nın sadrazamlığında sadaret kaymakamlığına tayin edildi. Sultan II.Süleyman tahta geçince, Çanakkale, Hanya, Kandiye ve Sakız muhafızlıklarında bulundu. Fazıl Mustafa Paşa’nın devlet hizmetinde yükselme yılları padişah IV.Mehmet’in saltanatının en bunalımlı dönemine rastlamaktadır.Viyana bozgununu izleyen günlerde sadrazam ve serdarı Ekrem Merzifonlu Kara Mustafa Paşa’nın Belgrat’da idam edilmesi (25 Aralık 1683) olayından Budin ve Atina’nın düşmesine değin geçen süre içinde devlet hayli yıpranmış, içte ve dışta devletin otoritesi zedelenmişti.IV.Mehmet’in, saltanatının son günlerinde sadrazam kaymakamlığına getirdiği Fazıl Mustafa Paşa, 39 yıldan beri hükümdar olan padişahı kansız bir şekilde tahttan indirmeyi başardı. Bu tarihten sadrazam oluncaya kadar geçen iki yıl boyunca Osmanlı Devletinin toprak kaybı sürdü. Batuçina ve Niş bozgunlarından sonra Alman orduları, Makedonya, Arnavutluk ve Bulgaristan’ı tehdit etmeye başlamıştı.II.Süleyman’ın Edirne’de topladığı saltanat şurası (Padişahların huzurunda yapılan danışma toplantısı) ordu, hükümet ve halk üzerinde otoriteyi sağlayabilecek tek kişinin Köprülü Fazıl Mustafa Paşa olduğuna karar verdi.

Sakız muhafızlığından Edirne’ye gelen Fazıl Mustafa Paşa, padişahtan, IV.Mehmet’in babasına ve ağabeyine tanıdığı geniş yetkilerin kendisine de verilmesini istedi.II.Süleyman bu isteği kabul etti. Bu durum daha ilk adımda içerdeki zorbaları ürkütüp sindirdiği gibi, Avrupalıları da telaşlandırdı.

Elli bir yaşındaki sadrazam ilk iş olarak vergi sistemindeki adaletsizliği ortadan kaldırarak, düşük ayarlı sikke kesiminin önüne geçti. Yolsuzlukla elde edilmiş servetleri hazineye alarak ordu ve devlet örgütünde etkili değişiklikler yaptı. Bu kadarla kalmayarak Köprülü ailesine ait saraylardaki altın ve gümüş eşyayı da darphaneye göndererek sikke kestirtti ve bu sikkeleri devlete bağışladığı gibi, padişahın da aynı şekilde davranmasını sağladı.

Böylece hazineyi güçlendirdikten ve gerekli hazırlıkları tamamladıktan sonra 13 Temmuz 1690’da Edirne’den sefere çıkan Fazıl Mustafa Paşa, birkaç ay içinde Vidin, Niş, Semendire ve Belgrat’ı geri aldı.Özellikle Belgrat kalesinin bir hafta gibi kısa bir zamanda fethedilmesi büyük yankı uyandırdı. Kırımlı Kazaklar Rusya içlerini alt üst ederken Türkler de Vardar’dan Drava’ya kadar 60.000 kilometre kareden geniş bir araziyi Avusturyalıların elinden aldılar.

Kış aylarını ordunun eksikliklerinin tamamlanması için İstanbul’da geçiren Fazıl Mustafa Paşa, Haziran 1691’de Erdel’i geri almak için ordunun başında İstanbul’dan ayrıldı. Yola çıkmadan önce II.Süleyman’ın hastalığını fırsat bilip IV.Mehmet’i yeniden tahta oturtmak isteyen bazı ulemayı tutuklattı. Orduyu uğurlamak için İstanbul’dan Edirne’ye gelmiş olan padişah, 8 gün sonra öldü. Fazıl Mustafa Paşa hükümdarın ölüm haberini Filibe’de aldı.28 Haziran’da Sofya’ya gelen serdar-ı Ekrem’e Anadolu beylerbeyi Bekir Paşa’yla Macar Kralı Tökeli de askerleriyle katıldılar. Belgrat’a gelen Fazıl Mustafa Paşa Kırım kuvvetlerinin henüz gelmemesine karşın orduyu Sava’nın karşı kıyısına geçirdi. Tuna’nın sağ kıyısında bir köy olan Salankamen’de Baden Prensi Ludwig Wilhelm’in komuta ettiği Avusturya kuvvetleriyle yapılan savaşta 53 yaşındayken şehit düştü. Bütün aramalara rağmen cesedi bulunamadı. Düşmanın da önemli kayıplara uğradığı bu savaş, Osmanlı-Avusturya savaşlarının önemli bir aşaması oldu ve Osmanlı Devleti ise, işleri düzene koymak üzere olan güçlü bir vezirini kaybetti. Fazıl Mustafa Paşa’nın Numan, Abdullah ve Esad adlarında üç oğlu vardı.

Fazıl Mustafa Paşa açık sözlü, riyadan hoşlanmayan bir insandı; idareyi ele alır almaz hükümeti ve orduyu işe yaramayanlardan derhal temizlemiş, Rumeli’deki gayri Müslimlerin yer yer ayaklanıp düşmana yardım etmelerinin sebebini vergilerin tahammül edilemez ağırlıkta olduğunu görerek onları hafifletmiş, ticarete serbestlik vermiş ve bu sayede devletin iç asayişini temin etmiştir.

Boş vakitlerinde araştırmalar yapar veya ulema ile görüş alışverişinde bulunurdu. Hatta sefer vakitlerinde bile fırsat buldukça okurdu. Hadis ilminde ihtisas sahibi idi; İstanbul’da Süleymaniye ile Vefa arasındaki konağı yanında bir kütüphane yaptırmış olup bir çok alim oraya gelip kitaplarından istifade ederlerdi. Süsü ve gösterişi sevmezdi; cesur ve atılgandı; cömert olup ağabeyi Fazıl Ahmet Paşa gibi askerin gönlünü hoş eder ve hizmeti görülenlere kendi kesesinden de bol bol bahşiş verirdi. Belgrat kalesini zaptettikten sonra kuşatma esnasında askere verdiği bahşişlerden başka, ocaklara kendi malından 70.000 kuruş bahşiş dağıtmıştır.